Sa Colla de Sant Rafel se fundó en el año 1981. Todo comenzó cuando Margalida Bonet Ribas decidió fundar una colla de baile payés en Sant Rafel, dado que en este pueblo no había ninguna y cuando se celebraban fiestas tenían que venir colles de fuera del pueblo. El período de formación de los primeros bailadores duró casi dos años: en el invierno de 1979, comenzaron a aprender a bailar; en el año 1980, los bailadores comenzaron a recibir las primeras clases de tocar castañuelas; y, en 1981, algunos comenzaron a aprender a tocar el tambor y la flauta.
Así, una vez formada Sa Colla de Sant Rafel salió a realizar el primer baile en público el 8 de diciembre de 1981. Cuando se fundó Sa Colla quedó integrada por cuarenta y cinco componentes, muchos de ellos niños que tuvieron así su primer contacto con las raíces y la cultura ibicencas. Actualmente, la asociación está integrada por cincuenta componentes, aunque, durante su larga trayectoria, han sido más de cien los jóvenes que han pasado por ella.

El principal objetivo de Sa Colla de Sant Rafel es conservar el folclore, la historia y las costumbres de Ibiza. Por ello, desde su fundación trabaja en la formación de jóvenes que comparten su interés hacia la danza y la cultura autóctona impartiendo clases de baile payés, clases de tocar el tambor y la flauta y clases de tocar castañuelas. Además, también ha organizado diversos cursos para enseñar las técnicas de elaboración de los diferentes instrumentos musicales y para enseñar a confeccionar la indumentaria femenina: 2004-2005 curso de hacer tambores y mantones de payesa; 2005-2006 curso de hacer castañuelas y trajes de payesa; 2009 curso de hacer flautas; 2010 y 2016 curso de hacer castañuelas; 2011 curso de hacer instrumentos; 2012 curso de hacer cestos; desde 2006 hasta 2016 un curso anual de hacer alpargatas. Asimismo, fruto del interés por dar a conocer la cultura tradicional, de noviembre de 2014 hasta noviembre de 2015 se realizó un curso de teatro que finalizó con la representación de una adaptación de cuentos tradicionales ibicencos durante las fiestas de Sant Rafel del año 2015.
Desde 1984 Sa Colla de Sant Rafel ha organizado un Festival Folclórico dentro del marco de las fiestas patronales de Sant Rafel. En el festival han mostrado su folclore agrupaciones de nuestra isla y del resto del territorio español, así como también han cantado sus glosas cantadores de las Baleares.
Entre otras actividades encaminadas a la conservación de la cultura tradicional, cabe destacar la organización anual de un baile popular en el Pou d’en Micolau el segundo fin de semana de octubre, con la cual se pretende contribuir a la recuperación de las fiestas en los pozos y de los juegos tradicionales ibicencos.
Sa Colla también participa en la procesión que se celebra cada año el Día del Passos, recuperando así la antigua tradición isleña de asistir a llevar a las jóvenes vestidas de payesas y con mantilla blanca en la cabeza.
Cabe destacar que, durante las décadas de los años 80 y de los años 90, el grupo trabajó para recuperar canciones populares ibicencas. Estas canciones las cantaron bailadores y bailadoras de Sa Colla en algunas fiestas y juergas, y algunas de ellas se han recogido dentro de uno de los capítulos del libro Sa Colla de Sant Rafel, 1981-2011.

En el año 2015 el grupo publicó el libro Sa Colla de Sant Rafel, 1981-2011, una obra muy personal donde se recogen los hechos más destacados de su trayectoria: su formación, sus actividades, sus componentes, sus vivencias, además de material de gran valor para la conservación del patrimonio cultural como es la recuperación del traje de clauer, la recopilación de canciones populares o información de los grandes maestros de tambor, flauta y castañuelas de Ibiza.
En el año 2006 Sa Colla de Sant Rafel recibió la Medalla de Plata del Municipio, otorgada por el Ayuntamiento de Sant Antoni de Portmany, en reconocimiento a toda una trayectoria de 25 años dedicados a la recuperación y conservación del folclore y la cultura tradicional.
Otro objetivo importante de Sa Colla de Sant Rafel es dar a conocer en todo el mundo el folclore y la cultura ibicenca. Por ello, desde el año 1982, Sa Colla ha realizado intercambios culturales con otros grupos folclóricos nacionales e internacionales y ha participado en diversos festivales folclóricos:
1982: Festival Internacional de Sóller (Mallorca).
1984: III Fiesta Folclórica de Son Ferriol (Mallorca).
1985: Actuación en Esporles (Mallorca).
1989: VIII Fiesta Folclórica de Son Ferriol (Mallorca).
1989: Actuación en Benicàssim (Castellón).
1990: Fiestas de Olost del Lluçanès (Barcelona).
1990: Actuación en Puig Punyent (Mallorca).
1992: Actuación en Vigo y Pontevedra (Galicia).
1993: Actuación en Andorra.
1994: Actuación en Olot (Girona).
1994: Actuación en Herencia (Ciudad Real).
1995: 49º Festival Folclórico de Llangollen (Gales), en el cual se consiguió un 5º puesto.
1995: Actuación en Torres de Cotillas (Murcia).
1996: Actuación en Benicàssim (Castellón).
1997: Actuación en Ciutadella (Menorca).
1998: Actuación en Sant Boi del Lluçanès (Barcelona).
1999: Actuación en Villajoiosa (Alicante) 2000: Actuación en Murcia.
2001: Festival Folclórico de Sant Pere de Bairo (Guimaraes, Portugal).
2003: Actuación en Vigo (Galicia).
2004: Festival de Talayuela (Cáceres).
2005: Actuación en Inca (Mallorca).
2005: Actuación en Tembleque (Toledo).
2005: Fiesta de los Nabos de San Martín del Rey Aurelio (Asturias).
2006: Desfile Folclórico Internacional (Alicante).
2006: Muestra Folclórica de Ferreries (Menorca).
2006: Feria Internacional de Turismo Interboot (Friedrishafen, Alemania).
2007: Festival de danzas de Beneixama (Alicante).
2008: Actuación en la Feria Náutica de Barcelona.
2009: Festival Cultural de Danza “Castelló-Dansa” (Castelló d’Empúries).
2009: Festival de Música y Baile Folclórico de Orihuela (Alicante).
2010: Berriofolk 2010 (Berriozar, Pamplona).
2011: XXIV Festival Folclórico Internacional “La Esteva” (Segovia).
2012: Festival Folclórico de Saint-Girons (Francia).
2013: Actuación en la Fiesta del Vino de Salvaterra de Miño (Pontevedra)
2013: III Aplec de Cultura Popular i Música Tradicional de Pollença (Mallorca)
2014: Festival Folclórico Villa de Almoharín (Cáceres).
2015: Muestra de Danzas Rituales de la Guancha (Tenerife).
2015: Actuación en Vigo (Galicia).
Aparte de estos festivales, Sa Colla también ha participado activamente en bailes y festivales organizados por el Consell Insular d’Eivissa.
Sa Colla de Sant Rafel participa activamente en la organización de las Fiestas Patronales de Sant Rafel y colabora en los programas de bailes organizados por el Ayuntamiento de Sant Antoni de Portmany: mercado artesanal, fiestas populares y otros eventos.
Además, Sa Colla de Sant Rafel forma parte de la Federación de Colles de Ball i Cultura Popular d’Eivissa i Formentera, de la cual fue miembro fundador en el año 1998.